Rozkład przestrzenny zasolenia wód Bałtyku jest zróżnicowany. Największe zasolenie występuje w Kattegacie i wynosi ok. 20 PSU, najmniejsze zasolenie wód występuje W Zatoce Fińskiej i Botnickiej, wynosi do 3 PSU. W przypadku wymienionych zatok wyraźnie zaznacza się wpływ wód rzecznych w wysładzaniu wód morskich.
Wzrost zasolenia głębszych warstw wody zależy od okresowych wlewów wody oceanicznej z Atlantyku przez Cieśniny Duńskie, które występują podczas silnych i bardzo silnych wiatrów zachodnich. Znacznie mniej zasolone i przez to mniejsze wody w warstwie powierzchniowej unoszą się nad wodą bardziej zasoloną i cięższą. Okresowe wlewy wód oceanicznych nie tylko podwyższają zasolenie Morza Bałtyckiego, ale przede wszystkim wprowadzają dobrze natlenione wody, które polepszają stan jego czystości.
