Dopływ wód rzecznych do Zatoki Gdańskiej jest większy niż do Zalewu Szczecińskiego ( ponad 30 kilometrów sześciennych). Po zachodniej stronie Zatoki Gdańskiej, od Władysławowa aż po Gdańsk , znajduje się Pobrzeże Kaszubskie. Temperatura waha się od 2 stopni Celsjusza w zimie do ponad 18 stopni w miesiącach letnich. Zasolenie wynosi ok. 7‰. Do niedawna Gdańsk i Gdynia oraz bardzo zanieczyszczona Wisła stanowiły podstawowe zagrożenie czystości wód Zatoki Gdańskiej. Osady niesione przez rzekę zrzucane są teraz w Zatoce Gdańskiej, co powoduje stopniowe powstawanie nowej delty Wisły- zewnętrznej. W ostatnich latach utworzono nowe oczyszczalnie ścieków ( na te cele wydano już ponad 100 milionów złotych ). Zatoka Gdańska jest jednak nadal zanieczyszczona, ponieważ stan czystości Wisły nie poprawił się znacznie. Obszar ten został uznany za strefę klęski ekologicznej.
