Proces oddychania dostarcza bakteriom energii niezbędnej do życia. Jako jedne z nielicznych org. mogą one oddychać zarówno tlenowo jak i beztlenowo. Fermentacja polega na rozkładzie substancji organicznych bez udziału tlenu. Bakterie oddychające w ten sposób są przez człowieka wykorzystywane na przykład do produkcji pieczywa. Ze względu na sposób odżywiania bakterie dzielą się na samożywne i cudzożywne. Bakterie samożywne czerpią pokarm z rozkładu szczątków organizmów lub jak bakterie chorobotwórcze, żyjąc kosztem innych organizmów, wywołują choroby. Natomiast bakterie, które wytwarzają związki organiczne z udziałem energii słonecznej, przeprowadzają fotosyntezę.
