Proces oddychania dostarcza bakteriom energii niezbędnej do życia. Jako jedne z nielicznych organizmów mogą one oddychać zarówno tlenowo, jak i beztlenowo . Fermentacja polega na rozkładzie substancji organicznych bez udziału tlenu .
Bakterie oddychające w ten sposób są wykorzystywane przez człowieka na przykład do produkcji kefiru i jogurtów homogenizowanych .
Ze względu na sposób odżywiania dzielą się na samożywne i cudzożywne . Bakterie saprofity czerpią pokarm z rozkładu szczątków martwych organizmów.
