Narastająca wrogość do Kościoła znalazła swój wyraz w liście w sprawie polityki antykościelnej wystosowanym w lipcu 1958 r. przez KC PZPR do terenowych instancji partyjnych. Wspomniano w nim o „ofensywie wojującego klerykalizmu”, która rzekomo miała na celu „wzniecenie waśni religijnej”, stąd wymagała „odporu ze strony naszej partii”. Był to czytelny sygnał rozpoczęcia nowego etapu konfrontacji z Kościołem i zakończenia krótkiego okresu względnej normalizacji stosunków na linii państwo–Kościół.
Jeszcze w 1957 r. Kościół ogłosił program duszpasterski Wielkiej Nowenny obejmujący dziewięcioletnie przygotowania do obchodów Milenium Chrztu Polski. W odpowiedzi 25 lutego 1958 r. sejm podjął uchwałę o obchodach Tysiąclecia Państwa Polskiego w latach 1960–1966. Władze starały się uniknąć zarzutów o konkurencyjność wobec programu kościelnego. Istotę konfliktu państwo–Kościół w 1966 r. zdefiniował przewodniczący Komisji KC PZPR do spraw Kleru Zenon Kliszko: „Rozpoczęła się w nowych warunkach walka o to, kto ma kierować narodem, kto ma sprawować «rząd dusz» w narodzie”. Obchody, które miały dla Kościoła wymiar święta religijnego, dla władz komunistycznych były ważnym etapem walki ideologicznej.
