Lider Dyrektoriatu Paul Barras powołał go do objęcia dowództwa nad oddziałami broniącymi Republiki w czasie rojalistycznego powstania 13 Vendémiaire (5 października 1795 roku). Pozwoliło to Napoleonowi kolejny raz wykazać się skutecznością, przez zastosowanie w walkach ulicznych artylerii. Po tym wydarzeniu został mianowany dowódcą wojsk wewnętrznych i generałem dywizji.
