Królestwo Polskie pod zaborem rosyjskim, jak wiadomo, nie miało dostępu do Morza Bałtyckiego. Wysokie cła gdańskie blokowały rozwój handlu zagranicznego, a ponadto Prusy miały dzięki temu doskonałą broń w ewentualnej wojnie gospodarczej. Rywalizacja gospodarcza między Prusami a Rosją doprowadziła w 1823 roku do wojny celnej. Dlatego 27 lipca 1824 roku car Aleksander I Pawłowicz zatwierdził projekt budowy Kanału Augustowskiego.
Kanał Augustowski pozwolił zakończyć prusko-rosyjską wojnę celną pomyślnie dla Rosji. Już w 1825 roku, gdy budowa ruszyła, Prusy wycofały restrykcje gospodarcze.
Jednak - paradoksalnie - szybkie przywrócenie żeglugi na Wiśle sprawiło, że kanał nigdy nie spełnił funkcji, dla której był zaprojektowany. W czasie zaborów wpływy z użytkowania kanału nie pokrywały bieżących kosztów eksploatacji i remontów. Zważywszy ogromne koszta budowy, należy uznać, że zwycięstwo w wojnie celnej z Prusami było raczej pyrrusowe.