Święty Charbel urodził się w Libanie. Jest to ziemia, która, jak mówi legenda, pamięta kroki Adama, który po wygnaniu z raju osiadł właśnie w Libanie. To tu sam Bóg, według innej legendy, zszedł na ziemię i zasadził cedry. Także na tej ziemi, w Sydonie i Tyrze nauczał Jezus, a w niewielkiej wiosce Maghdouche (20 km od Sydonu) w grocie oczekiwała na Niego Maryja.
Święty Charbel (Youssef Makhlouf) urodził się 8 maja w 1828 roku w Bqaakafra, najwyżej położonej wiosce w Libanie, na wysokości 1800 m n.p.m., 140 km na północ od Bejrutu. Stąd rozciągał się widok na Wadi Kadisha - Świętą Dolinę, gdzie w licznych grotach żyli mnisi i pustelnicy. Rodzice byli żarliwymi katolikami obrządku maronickiego.
Święty Charbel był najmłodszy z rodzeństwa, miał dwie starsze siostry i dwóch braci. Na chrzcie otrzymał imię Józef. Rodzina miała skrawek ziemi, utrzymywała się ze zbiorów z własnej ziemi i hodowli bydła. Kiedy Youssef miał 3 lata stracił ojca. Matka wyszła ponownie za mąż za drobnego właściciela ziemskiego, uczciwego i pobożnego, który był stałym diakonem.