Szczeliny te otwierają się z jednej strony do gardzieli, a z drugiej bezpośrednio na zewnątrz ciała (ryby chrzęstnoszkieletowe) lub do komór skrzelowych leżących pod pokrywami skrzelowymi (ryby kostnoszkieletowe). W pierwszym przypadku (chrzęstnoszkieletowe z wyjątkiem płaszczek) ryby wsysają i wypychają wodę z jamy gębowej przez skurcze i rozkurcze komór skrzelowych. U płaszczek woda dostaje się do przełyku i skrzeli przez tryskawkę położoną na szczycie głowy, a wydostaje się na zewnątrz przez szczeliny skrzelowe, położone na jej brzuchu. W drugim przypadku (ryby kostnoszkieletowe) przepływ wody przez skrzela warunkują ruchy pokryw skrzelowych, które działają jak pompa ssąco-tłocząca - przy podnoszeniu się pokryw ich tylny błoniasty brzeg przyciska się do tułowia, ślizgając się po powierzchni ciała do przodu. Powstaje wówczas podciśnienie, które powoduje wessanie wody z jamy gębowej. Przepływająca woda opłukuje blaszki skrzelowe i oddaje im tlen. Przy opuszczaniu pokryw ciśnienie w komorach skrzelowych wzrasta (przegroda z blaszek skrzelowych blokuje przepływ wody z powrotem do jamy gębowej), odchyla błoniasty brzeg pokrywy i woda wypływa spod pokrywy skrzelowej na zewnątrz.
