- możliwy negatywny wpływ na ekosystem (np. wyprzeć naturalnie występujące w nich gatunki) i zdrowie ludzi
- możliwe skutki uboczne i naduzycia
- zanieczyszczenie środowiska (uprawa roślin odporsych na chemiczne środki chwatobójcze -> zachęcenie rolników do zwiększenia intensywności oprysków -> zwiększenie zanieczyszczenia środowiska)
- zagrożenie biologiczne (niebezpieczeństwo stworzenia broni biologicznej o nieznanych cechach)