Zredukowane przenośniki elektronów (NADH+H+ i FADH2), które powstały na etapie glikolizy, reakcji pomostowej i cyklu Krebsa ulegają utlenieniu i oddają elektrony na kompleks cytochromów znajdujący się w wewnętrznej błonie mitochondrium, elektrony te następnie są transportowane przez białka wchodzące w skład kompleksu co jednocześnie napędza aktywny transport protonów (H+) z matrix mitochondrium (miejsca gdzie jest ich mnniejsze stężenie) do przestrzeni międzybłonowej (miejsca gdzie jest ich większe stężenie) przez co w przestrzeni międzybłonowej powstaje gradien protonowy, który stanowi siłę napędową syntazy ATP - protony na drodze dyfuzji przepływają z przestrzeni międzybłonowej przez kanał w syntazie ATP z powrotem do matrix mitochondium co napędza enzym w efekcie czego katalizuje on proces fosforylacji oksydacyjnej (przyłączania reszty fosforanowej do ADP w obecności tlenu) w konswekwencji czego powstaje ATP.
