Z transportowanych przez kompleks cytochromów (znajdujący się na wewnętrznej błonie mitochondrium) elektronów uwalniana jest energia która wykorzystywana jest do aktywnego transportu protonów z macierzy mitochondrialnej (miejsca o ich mniejszym stężeniu) do przestrzeni międzybłonowej (miejsca o ich większym stężeniu), jest to transport odbywający się wbrew gradientowi stężeń, który pozwala na utrzymanie wysokiego stężenia protonów w przestrzeni międzybłonowej i jednocześnie różnicy stężeń po obu stronach wewnętrznej błony mitochondrium.
