W przypadku stosowania tych metod nie mamy pewności czy podobieństwa morfologiczne organizmów wykształciły się w wyniku dywergencji czy konwegencji ze względu na to, że metody te nie pozwalają nam na porównanie sekwencji nukleotydów w materiale genetycznym organizmów klasyfikowanych przez co klasyfikacja organizmów na podstawie tych metod niekiedy może być błędna, w skutek niepoprawnego wykazania ich pokrewieństwa.
