Jeśli chodzi o rozmnażanie to bakterie są nieco ograniczone. Mogą się powielać poprzez proces amitozy lub, w przypadku niektórych promieniowców, poprzez emitowanie do otoczenia tworów podobnych budową do endospor (przetrwalników). Amitoza różni się nieco od typowej mitozy. Przede wszystkim jest to podział genoforu (i całej komórki) przez poprzeczne przewężenie i nie ma mechanizmów zapewniających w 100% równomierne przekazanie materiału genetycznego komórkom potomnym.
Koniugacja natomiast zachodzi u bakterii posiadających plazmid F lub u tzw. szczepów Hfr (High-frequency of recombination) mających wbudowany taki plazmid do DNA na stałe. Poprzez koniugację możliwe jest zachowanie różnorodności genetycznej u takich organizmów, przez co zwiększają się możliwości adaptacji do zmieniających się warunków otoczenia. Zmienność genetyczna jest przecież głównym celem ewolucji.
