1. Ryzyko ekonomiczne. Brak jest przekonujących argumentów co do opłacalności wykonania przekopu. Inwestycja wymagać będzie corocznych nakładów na utrzymanie toru wodnego i jego pogłębianie. Do tego konieczność spełnienia szeregu wymagań dotyczących utrzymania walorów przyrodniczych Zalewu (np. znalezienia bezpiecznego miejsca dla urobku i jego transport, prowadzenie prac w określonych okresach roku) znacznie podroży inwestycję (prawdopodobnie 3-4 razy zostaną przekroczone obecnie zakładane koszty). Również rola przekopu dla rozwoju turystyki jest przez zwolenników przekopu przeceniana.
2. Obawa o ciągłość Mierzei Wiślanej po wykopaniu przekopu - analogicznie do kłopotów Półwyspu Helskiego po zbudowaniu portu we Władysławowie. Ratowanie Półwyspu Helskiego wymaga corocznych, kosztownych prac (3 mln zł w 2007 r.)
3. Konieczność wykopania kanału żeglugowego o głębokości przekraczającej obecne maksymalne głębokości w Zalewie istotnie zmieni chronione, wrażliwe siedlisko dna Zalewu (planowany Specjalny Obszar Ochrony Siedliska Natura 2000, chronione siedlisko priorytetowe). Pojawią się nowe nisze ekologiczne, które dzięki dodatkowemu połączeniu z głęboką Zatoką Gdańską będą zasiedlane przez obce, ekspansywne gatunki (np. babkę byczą), zmieni sie skład gatunkowy ryb i zmniejszy się (o kilkanaście km2) powierzchnia miejsc dających możliwość rozrodu ryb ważnych gospodarczo (gł. sandacza i śledzia)
4. Konieczność znalezienia miejsca na zrzut urobku pochodzącego z pogłębienia kanału żeglugowego. Prace pogłębiające realizowane w przeszłości na tym akwenie prowadziły do szeregu poważnych zniszczeń tarlisk ryb i kolonii ptaków.
5. Zmiany w składzie gatunkowym ryb oraz wzmożony ruch statków na spokojnej dotąd, zachodniej części Zalewu Wiślanego, negatywnie wpłynie na zimujące ptaki wodne, dla ochrony których powołano Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków Natura 2000
6. Kanał pozbawiony śluzy może wpłynąć na stopień zasolenia wód
7. Zwiększone zagrożenie powodziowe i ryzyko dla wędkujących i plażujących ludzi, z racji destrukcyjnego oddziaływania fal wzbudzanych przez duże statki na płytkim, zamkniętym akwenie (przyspieszona erozja brzegów)
8. Przeciwni pomysłowi są samorządowcy i mieszkańcy Krynicy Morskiej, leżącej prawie na samym końcu Mierzei obawiając się, że przekop może spowodować spadek zainteresowania turystów przyjazdem do tego morskiego kurortu
9. Przeciwni są również niektórzy mieszkańcy Kątów Rybackich i Skowronek, obok których ma powstać przekop, z powodu przewidywanego zanieczyszczenia wody zarówno w Zatoce Gdańskiej jak i w Zalewie Wiślanym oraz hałasu wywołanego natężonym ruchem statków, co bezpośrednio wpłynie na czystość plaż oraz spadek zainteresowania wypoczynkiem w tym rejonie
