Autonomia organellum oznacza,że dana struktura (element) komórki jest niezależna od metabolizmu i tempa pracy jądra komórkowego, które jest nadrzędnym elementem komórki. Struktura autonomiczna posiada swój własny materiał genetyczny i jest zdolna do samodzielnych podziałów.
Jednak nie ma w pełni całkowicie autonomicznych organelli, ponieważ synteza pewnych białek strukturalnych takich organelli jest częściowo kontrolowana przez materiał genetyczny zawarty w jądrze komórkowym. W takim przypadku mówimy o półautonomii . Do organelli półautonomicznych należą plastydy (u roślin) i mitochondria .